Andrej Rahten rodio se 4. ožujka 1973. u Celju. Nakon završene gimnazije upisao je studij povijesti na Filozofskom fakultetu u Ljubljani. U studijskoj godini 1994./95. studirao je, kao stipendist Österreichischer Akademischer Austauschdienst, na Sveučilištu u Klagenfurtu (Celovcu). Diplomirao je 1996. radom o slovenskim zastupnicima u bečkom parlamentu, a potom je upisao poslijediplomski studij povijesti. Tijekom tog studija nekoliko je mjeseci istraživao u bečkim arhivima kao stipendist Deutscher Akademischer Austauschdienst. Istraživao je i u Jugoistočnom institutu u Münchenu.

Godine 1998. napisao je magistarski rad Federalistički koncept u politici Habsburške Monarhije na Balkanu 1908-1918. Poslije upisa na doktorski studij, u razdoblju od 1999. do 2001. surađivao je u Znanstveno-istraživačkom centru Slovenske akademije znanosti i umjetnosti (ZRC SAZU). Na Filozofskom fakultetu Sveučilišta u Ljubljani obranio je 2000. doktorsku dizertaciju naslovljenu Dr. Janko Brejc (1869-1934). Politička biografija. Za disertaciju je bio nagrađen Zlatnim znakom ZRC SAZU-a.

Godine 2001. izabran je u zvanje docenta i postao suradnik Znanstveno-istraživačkog centra Republike Slovenije u Kopru. U travnju 2001. zaposlio se u slovenskom Ministarstvu vanjskih poslova, gdje je ubrzo preuzeo operativne zadaće na koordinaciji slovensko-austrijske ekspertne skupine povjesničara i pravnika. U studenome 2001. imenovan je u kabinet minstra, a od travnja 2003. vodio je Centar za istraživanja. Godine 2004. ponovno se zaposlio u ZRC SAZU te je radio kao znanstveni suradnik u Institutu za kulturnu povijest do imenovanja na mjesto savjetnika za vanjsku politiku u kabinetu predsjednika vlade.

Od 2004. predaje međunarodne odnose na Fakultetu za poslijediplomske europske i državne studije u Brdu kod Kranja, a od 2005. povijest neeuropskih naroda nakon 1918. na Pedagoškom fakultetu Sveučilišta u Mariboru. Od 2002. član je međunarodnog uredništva Časopisa za suvremenu povijest (Zagreb), a od 2004. i uredništva hrvatskoga interdisciplinarnog znanstvenog časopisa Pilar (Zagreb).

Od 2006. član je nadzornog odbora javne ustanove Ad fatura i upravnog odbora ljubljanskog Instituta za noviju povijest. Jedan je od inicijatora i član Projektne skupine za proučavanje diplomatske povijesti Srednje i Jugoistočne Europe u sklopuu Centra za europsku budućnost u Jablama.

Objavio je četiri monografije:

Slovenska pučka stranka u bečkom parlamentu. Slovenska parlamentarna politika u Habsburškoj Monarhiji 1897.-1914. (Celje 2001);

Slovenska pučka stranka u beogradskoj Skupštini. Jugoslavenski klub u parlamentarnom životu Kraljevine SHS (Ljubljana 2002);

Zaboravljeni slovenski premijer. Politička biografija dr. Janka Brejca (1869.-1934.) (Beč – Ljubljana – Klagenfurt 2002);

Savezništva i diobe. Razvoj slovensko-hrvatskih političkih odnosa u Habsburškoj Monarhiji 1848.-1918. (Ljubljana 2005).